同じパラメータ名が存在する場合に、X番目のパラメータに任意の値を送信する方法はありますか。

Handlerの設定により、対応可能です。
Web「シナリオ」＞「Handler設定情報」＞「Handler設定(準備処理)」画面より「順次代入(準備処理引継ぎ有)」のテンプレートを使用し、以下の設定を行います。
＜設定方法＞
1.「静的置換パラメータ」＞「パラメータ名」の入力箇所の右側に表示されている高度な設定(歯車のアイコン)をクリックします。
2.「同名パラメータがある場合に変更対象を特定する(GET,POSTのみ)」にチェックを入れ、「対象インデックス」に、指定したい箇所（X番目）を指定します。

同テンプレートの以下の設定項目にも同様の機能がございます。
「引継ぎパラメータ(正規表現)」
「順次代入パラメータ」